1、農村居民未經或者騙取批準非法占用農村土地新修建的房屋；此類房屋，根據《土地管理法》第七十七條規定，將拆除非法占用土地上新建的房屋。
2、房屋的宅基地面積超過省，自治區，直轄市規定的標準建，此類房屋僅確權合理登記范圍的宅基地面積，多余的宅基地原則上交予農民朋友繼續使用，待房屋翻新、重建時將收回多余宅基地。
3、買賣或者以其他形式非法轉讓宅基地上修建的房屋，《土地管理法》第二條和第七十三條就明確規定：禁止買賣或者非法轉讓農村土地，對違反土地利用總體規劃擅自將農用地改為建設用地的將拆除土地上的建筑設施。
4、擅自在耕地以及基本農田保護區修建的住宅，目前國家正在大力保護農村的耕地，想要在耕地上修建房屋，必須要獲得農用地轉為建設用地的審批手續，而且國家明令禁止基本農田保護區修建房屋，所以此種情況其房屋也不能夠確權登記。
1、房屋的矛盾一般都是由侵權引起的，房屋在分配的時候就已經完成了確權行為，村里都會有原始記錄。如果有爭執的話，可以調取房屋原始記錄查看，關于誰侵權就一目了然了，因此不需要再次確權了。
2、農村的房屋一般都是大家統一申請確權，政府和法院不會單獨受理某個村民的房屋確權。在分房屋的時候確權已經由土地管理部門按戶確權清楚了，并且會做好相關登記，所以原則上，法院和政府都不會再受理單獨的確權申請。
3、一般的房屋只要交易雙方自己同意就可以，但是農村的房屋不一樣，不僅要雙方同意，還要經過村委的同意才能交易，此外農村房屋交易之前要明確房屋確權。經過村委同意后，就可以開具相關證明，然后才能辦理過戶等手續。
